Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Brebes memiliki beberapa laboratorium untuk menunjang kegiatan belajar mengajar mata pelajaran tertentu, diantaranya:
Laboratorium Komputer
Laboratorium Bahasa
Laboratorium IPA
Semua laboratorium di MTs Negeri 2 Brebes sudah memiliki peralatan yang memadai, sehingga kegiatan pelajaran praktik dapat dijalankan dengan efektif.
